Sidra Medicine Identifies New Mutation That May Affect COVID-19 Testing

QNA

Doha: In a collaboration led by teams from Pathology and the Genomics Core at Sidra Medicine, a study has been published about a novel point mutation in the SARS-CoV-2 genome that may affect COVID-19 testing by an FDA-approved test.

The study calls to action for testing centers worldwide to monitor mutations in the virus and ensure that testing methods are up to date, and based on multiple gene targets to avoid possible false-negative results.

The findings, which have been published in the Journal of Clinical Microbiology, highlight Sidra Medicines continuing role in supporting global efforts to tackle the pandemic and finding efficient, robust and safe testing methods for COVID-19.

Dr. Mohammad Rubayet Hasan, Clinical Molecular Microbiologist from the Pathology Department at Sidra Medicine, who led the study, said: “Since the beginning of the pandemic, worldwide laboratory testing to detect COVID-19 by real-time reverse transcription PCR (RT-qPCR) has played a central role in mitigating the spread of the virus. Soon after the viral genome sequences were available, several RT-qPCR assays were developed and made available by the World Health Organization for public use. However, the large-scale sustained person-to-person transmission of COVID-19 has led to many mutational events, some of which may affect the sensitivity and specificity of available PCR assays (tests).”

In order to diagnose COVID-19, most laboratories test for multiple gene targets. The Sidra Medicine team noticed samples from several unrelated patients were positive for only one viral gene target, which led them to suspect that some of the viruses circulating in Qatar may have this common mutation. By examining the genetic sequence of these viruses, they identified a new mutation in a commonly used gene target for COVID-19 detection and found that the same mutation was present in viruses recovered from epidemiologically unrelated individuals. They also noted that this particular mutation had not been reported by any other country.

“Current testing methods have played a central role in mitigating the virus’s spread through early detection, tracing suspected cases, and screening at-risk populations. Therefore the implications of inaccurate test results could cause health authorities to lose track of COVID-19 positive individuals. Infected patients may unknowingly spread the virus, and the erroneous test results could affect infected individuals’ medical care. Our study concludes that it is essential to ensure RT-qPCR methods used for COVID-19 testing are up to date and inclusive of such variants in case further mutations make the virus undetectable by existing molecular tests,” continued Dr. Hasan.

The specific mutation specified in the study originated at a viral gene utilized by a WHO-recommended assay developed by the Centers for Disease Control and Prevention (CDC) in the United States.

Dr. Patrick Tang, Division Chief of Microbiology at Sidra Medicine said: “This study is testament to the excellence of our pathology and research expertise at Sidra Medicine. We remain committed to tackling this pandemic. Our efforts are backed by ongoing innovation and a drive to continually enhance current methods. I am very proud our ground-breaking findings and research that will help the population in Qatar as well as the global community.”

“Our findings also highlighted the importance of testing for multiple SARS-CoV-2 gene targets as well as quickly investigating any unusual results with genetic sequencing. This is particularly in other countries where there is rampant spread of COVID-19. Fortunately, the prevalence of this novel SARS-CoV-2 mutation in Qatar is low, and it is unlikely that such viruses will escape detection locally because COVID-19 testing in Qatar is almost all based on detecting multiple viral targets,” continued Dr. Tang.

قنا

الدوحة: أعلن سدرة للطب عضو مؤسسة قطر للتربية والعلوم وتنمية المجتمع أن قسم علم الأمراض التابع له حدد طفرة جديدة قد تؤثر على اختبار فيروس /كوفيد-19/.

وذكر سدرة للطب انه في نطاق مبادرة تعاونية أشرفت عليها فرق من قسمي علم الأمراض والجينوم في سدرة للطب، تم نشر دراسة حول طفرة جديدة في جينوم SARS-CoV-2 والتي قد تؤثر على اختبار كوفيد-19 بواسطة اختبار معتمد من إدارة الغذاء والدواء.

وتدعو الدراسة مراكز الاختبار في جميع أنحاء العالم لاتخاذ إجراءات لرصد طفرات الفيروس، والتأكد من مواكبة أحدث المستجدات في استخدام طرق الاختبار، بحيث تستند إلى أهداف جينية متعددة لتجنب النتائج السلبية الخاطئة المحتملة.

تؤكد النتائج التي نشرت في مجلة علوم الأحياء السريرية الدقيقة، على الدور المستمر الذي يضطلع به سدرة للطب في دعم الجهود العالمية للتصدي للوباء، وإيجاد طرق اختبار فعالة وقوية وآمنة لكشف فيروس كوفيد-19.

وقال الدكتور محمد ربيط حسن أخصائي الأحياء الجزيئية السريرية الدقيقة من قسم علم الأمراض في سدرة للطب والذي أشرف على الدراسة، إنه منذ بداية الوباء تم إجراء فحوص مخبرية في جميع أنحاء العالم للكشف عن كوفيد-19عن طريق النسخ العكسي، في نفس وقت إجراء الـ PCR (RT-qPCR) وهذا لعب دورا محوريا في الحد من انتشار الفيروس.

واضاف انه بعد وقت قصير من توفر تسلسل الجينوم الفيروسي، تم تطوير العديد من فحوصات RT-qPCR وإتاحتها من قبل منظمة الصحة العالمية للاستخدام العام لكن رغم ذلك أدى الانتقال المستمر للفيروس من شخص إلى شخص على نطاق واسع إلى حدوث العديد من الطفرات التي ربما يكون لبعضها تأثير على حساسية ونوعية فحوصات PCR المتاحة.

ومن أجل تشخيص كوفيد-19، تقوم معظم المختبرات باختبار أهداف جينية متعددة، حيث لاحظ فريق سدرة للطب أن العينات المأخوذة من العديد من المرضى الذين لا تربط بينهم علاقة، كانت إيجابية لفيروس جيني واحد فقط، مما دفع الباحثين للاشتباه في أن بعض الفيروسات المنتشرة في قطر قد يكون لديها هذه الطفرة الشائعة.

ومن خلال فحص التسلسل الجيني لهذه الفيروسات، استطاع الفريق أن يحدد طفرة جديدة في هدف جيني شائع الاستخدام لاكتشاف كوفيد-19، ووجد أن نفس الطفرة كانت موجودة في الفيروسات التي تم التعافي منها من أفراد ليس لهم علاقة وبائية، ومن هنا أشار الفريق إلى أن هذه الطفرة الخاصة لم يتم الإبلاغ عنها من قبل أي دولة أخرى.

واوضح الدكتور محمد ربيط حسن ان طرق الاختبار الحالية لعبت دورا رئيسيا في التخفيف من انتشار الفيروس من خلال الكشف المبكر، وتتبع الحالات المشتبه فيها، وفحص السكان المعرضين للخطر، لكن الآثار المترتبة على نتائج الاختبارات غير الدقيقة قد تتسبب في جعل السلطات الصحية تفقد آثار الأفراد المصابين بفيروس كوفيد-19، وقد ينشر المرضى المصابون الفيروس دون علمهم، ويمكن أن تؤثر نتائج الاختبار الخاطئة على الرعاية الطبية للأفراد المصابين.

واشار الى ان دراسة سدرة للطب تظهر أنه من الضروري التأكد من أن تكون طرق RT-qPCR المستخدمة في اختبار كوفيد-19 حديثة وشاملة لمثل هذه المتغيرات، في حالة حدوث طفرات أخرى تجعل الفيروس غير قابل للكشف بواسطة الاختبارات الجزيئية الحالية.

ونشأت الطفرة المحددة في الدراسة من جين فيروسي يستخدمه اختبار موصى به من قبل منظمة الصحة العالمية، تم تطويره بواسطة مراكز السيطرة على الأمراض والوقاية.

وقال الدكتور باتريك تانغ رئيس قسم علم الأحياء الدقيقة في سدرة للطب، إن هذه الدراسة هي برهان على تميز سدرة للطب في مجال علم الأمراض وتطور خبراته البحثية.

واشار الى أن النتائج التي تم التوصل اليها أثبتت أيضا أهمية اختبار أهداف جينية متعددة لـ SARS-CoV-2 بالإضافة إلى التحقيق السريع في أي نتائج غير عادية مع التسلسل الجيني وهذا يصح تماما في البلدان الأخرى التي ينتشر فيها كوفيد-19، موضحا انه لحسن الحظ فإن معدل انتشار طفرة السارس- CoV-2 الجديدة في قطر منخفض، ومن غير المرجح أن تفلت مثل هذه الفيروسات من الاكتشاف محليا، لأن اختبار كوفيد-19في قطر يعتمد تقريبا على اكتشاف أهداف فيروسية متعددة.